En lo que respecta a la época visigoda, ha pasado de igual forma desapercibida para nosotros sin que podamos hablar sobre ella con fundamentos suficientes. Parece razonable pensar que la prosperidad del territorio en época romana se tornó durante el período visigodo en un proceso de degradación que debió originar un cierto despoblamiento de la zona si tenemos en cuenta que las fuentes no mencionan ningún núcleo de población.

        Las crisis políticas y económicas del reino visigodo produjeron la decadencia de centros que, como la antigua Mellaria, fueron antes importantes focos urbanos. Y la posterior implantación musulmana debió borrar en muchos casos las huellas de los godos, de modo que los restos del arte hispano-godo son escasísimos y se reducen a los detectados en la Sierra de los Santos y la Ermita de San Bartolomé que, como otros tantos edificios, sirvieron de material de derrubio y acarreo para otras construcciones posteriores.

        En época musulmana son también muy escasos los datos aportados por las fuentes o la arqueología. La comarca de Fuente Obejuna y las zonas colindantes, extendidas por un territorio de transición entre Los Pedroches (cora de Fahs al-Ballut) y la cora de Firrish (cora de Constantina), tuvieron unos límites poco precisos, si bien en determinados períodos aparece integrada en la primera de las mencionadas entidades político-administrativas. Los estudios sobre esta cora musulmana efectuados por Arjona Castro nos permiten hablar de una población un tanto dispersa en Aaldeas y con una mayoría de bereberes que se asentaron en la zona probablemente desde los primeros años de la conquista. Se trataba, como ya hemos apuntado, de una zona de baja densidad demográfica en época visigoda y bajoimperial y con algunos núcleos sumidos en un estado de precariedad y probablemente de ruina, de ahí la escasez de datos en las fuentes históricas.

        La llegada de esta población bereber se explicaría entre otras razones por las especiales condiciones del territorio para la práctica del pastoreo y, en definitiva, como bien señala Arjona Castro, por las afinidades con sus comarcas de origen. Sea como fuere, lo cierto es que el poblamiento musulmán se dirigió fundamentalmente hacia la mitad meridional del término, según se desprende de la mayor abundancia de topónimos musulmanes, construcciones hidráulicas de la época y otros restos arqueológicos como los hallados en las fincas de Hornacha y Los Arrecíos, en las proximidades de la aldea de Ojuelos Altos.

        Todo parece indicar también, como demuestran algunos poblados mineros del término, que se continuó la explotación de antiguos yacimientos ya conocidos desde época romana o anteriormente y sometidos con probabilidad en época visigoda a un cierto paréntesis de inactividad. Asimismo, también habríamos de constatar la existencia de cierta población árabe, pero en relación con esto sólo tenemos noticias de los miembros de una poderosa familia de la aristocracia cordobesa, la de Muhamad ben al-Shur, que construyó el Castillo de Benajarafe cerca de la actual aldea de Cardenchosa. Este tipo de fortalezas responderían, en fin, a la existencia de importantes propiedades agrarias en manos de una aristocracia que iría buscando parajes especialmente atrayentes para el recreo o la práctica de la caza. Por supuesto, tampoco hemos de olvidar su importancia defensiva en una zona vital para la seguridad de la capital de Al-Andalus en medio de un gran despoblado entre los municipios de Fuente Obejuna y Hornachuelos.

        En esta época tampoco habríamos de olvidarnos de la población autóctona hispano romana concentrada en torno a la comunidad mozárabe de la ruinosa Mellaria, que quedó, según el historiador local Villamediana, muy afectada por la invasión musulmana aunque posteriormente se reconstruyera y reforzara con una muralla. Esta población autóctona, que sería insuficiente para devolver a esta zona su antiguo esplendor, también se concentraría probablemente como mano de obra en las explotaciones mineras de la Sierra. Por otra parte, la comunidad mozárabe pudo haber sido una población satélite del antiguo Monasterio de San Salvador de Pinna Mellaria, citado en las obras de San Eulogio de Toledo y cuyo emplazamiento exacto se desconoce con exactitud, si bien es indudable que recoge el antiguo topónimo romano de la población de Fuente Obejuna, y, por tanto, bien pudiera haberse situado en este municipio.

        Sí sabemos con más certeza que la antigua vía Córdoba-Mérida siguió utilizándose con frecuencia en la etapa musulmana como atestigua el geógrafo Idrisi y que en su entorno se desarrollaron algunas destacadas localidades como Aqua Bortora, ubicada posiblemente en el entorno del Cerro de Masatrigo, sobre los restos de la antigua Mellaria romana.

        A partir del siglo XII, este territorio quedó como región fronteriza entre los dominios cristianos y musulmanes, de forma que nuevamente se va a caracterizar por un acusado vacío demográfico. A la probable emigración de mozárabes hacia los territorios cristianos hemos de sumar a partir de aquel siglo otro flujo emigratorio mucho más importante como consecuencia de las frecuentes incursiones cristianas de carácter militar, tras las cuales la población bereber y árabe fundamentalmente se vería obligada a huir hacia el sur de la Península.

        Fuente Obejuna, la antigua Mellaria, debió quedar sumida en una acusada crisis demográfica cuando no totalmente despoblada. De ahí que las fuentes cristianas ni siquiera la mencionen hasta el siglo XIV, en 1315, y posteriormente, en 1333. Fuente Obejuna apareció como un núcleo insignificante sin demarcación definida al quedar englobado en la feligresía de Bélmez en la segunda mitad del siglo XIII, prueba de que ésta última población se convirtió en la localidad de mayor importancia de la comarca. Su imponente castillo musulmán constituyó indudablemente la defensa básica de la amplia zona de valles y sierras de la cabecera del Guadiato.

        En el siglo XIII la única población cercana a Fuente Obejuna que se cita en las fuentes históricas es Tolote (actual Castillo de Los Blázquez), que estuvo habitada en la etapa musulmana y cuyo término parroquial (feligresía) vino a coincidir básicamente con la jurisdicción que se otorgó a Fuente Obejuna en el siglo XV.

        La reconquista y repoblación del Valle del Guadiato resultó especialmente difícil y parece que todos los intentos del siglo XIII fracasaron. En 1315 la aparición de Fuente Obejuna en las fuentes escritas, en posesión ya de la antigua feligresía rural de Tolote, está en relación con los intentos repobladores del Concejo de Córdoba. Posteriormente, en 1333, la reconquista ya parece haberse consolidado en esta zona, fecha ésta en que Fuente Obejuna aparece citada en la Crónica de Alfonso XI. También en el siglo XIV se cita a la localidad en el Ordenamiento de Dehesas de Enrique II, de 1375, como lugar de realengo poblado.